床がどのような材質であっても、ホコリやダニを取り除くための管理を行うことは、大切なことと考えられます。

しかし、床の材質や種類によって、対応や注意点が異なることがあります。

まずフローリングですが、フローリングの床は、ダニが板の上を歩くことはできても、板の中に潜ることはできません。また板そのものはホコリを発生させません。しかし周囲で舞い上がったホコリがフローリングの上に落下した場合には、床の上にホコリが堆積していく、ということが考えられます。
そのため、フローリングのダニ対策としては、板の上に積もったホコリを取り除く、ということを行います。具体的には、モップや掃除機を用いるなどの方法が考えられます。

次に畳ですが、ダニは明るいところを避け、暗いところへ潜る習性があります。そのため畳の表面にダニが付いた場合、畳表の隙間に身を潜める、ということが考えられます。この場合、隙間に身を潜めているダニを除去するために、掃除機がけをすることが推奨されます。

畳は使わない方がいいのでしょうか？というご質問は、本質的ではありません。畳は日本で長く親しまれている床材です。掃除機がけなどの手入れをすることで、ダニが少ない状態を維持できることは、これまでいく例もの調査が行われ明らかです。

もし、フローリングや畳のいずれであっても、ゴザやラグなどの敷物を敷いた場合、その敷物の表面にダニが付く、ということとがあります。そしてその敷物の裏では、ダニが増えていく、という可能性もあり注意が必要です。
敷物の表面への掃除機がけとともに、可能であれば敷物をめくり、敷物の裏側、敷物を敷いた床面に対して、掃除機がけを行うなどし、ダニを減らすことが大切です。

いずれの場合でも、ダニを減らすために管理を行うことは大切なことです。継続した管理を行うことは、ダニが少ない環境を維持することに役立つと考えられます。